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关于A母公司和各个子公司之间的问题
一、背景情况：
1、总分公司：
总公司A和分公司B客户服务部以及分公司C制造部是总分公司，总公司A是独立法人企业 ，司B客户服务部以及分公司C制造部是非独立法人；
2母子公司
公司A和深圳公司E、深圳公司F、南京公司G、惠州公司H；以上5个公司在对外上是平等的法人企业；
3、独立交易原则：是有关联企业之间发生关联业务往来必须遵循的原则，否则税务局有权调整有关税务事项；
二、存在问题
1、深圳市母公司A股份有限公司（简称母公司A）和深圳公司E之间的问题
（1）深圳公司E没有自己的财务部门，目前是母公司A的人员为深圳公司E提供财务记账服务；
（2）深圳公司E没有自己的人力资源部门，深圳公司E的人力资源管理是由母公司A公司提供服务的；
（3）深圳公司E没有自己的采购部门、仓储部门、生产制造部门、质量部门以及与之对应的人员；而从原料采购订单的起草-正式订单审核通过-采购合同签订-材料验收入库-发票制作和付款，以及生产领用材料制造和完工产品入库，都是有母公司A相应的部门的人员提供的服务；深圳公司E的固定资产的采购也是母公司A采购的；
生产方面，深圳公司E没有一个生产工人，并且近期没有对深圳公司E招聘生产工人的计划，深圳公司E的生产制造部分都是由母公司A完成的并且费用也都进入了母公司A；所以在账上的制造费用和生产成本中都没有工资数据；
（4）深圳公司E没有自己的内销人员，内销的业务大部分都是母公司A的业务人员做的，并且销售费用和销售奖金都计算在母公司A公司的帐中；、
（5）深圳公司E资金不够的时候，美元可以结汇为人民币，是不用从母公司A借款的，可是最近深圳公司E没有结汇，从母公司A借款很多次，并且没有任何的书面的双方盖章的借款协议，也没有计提利息；不符合独立交易原则；
2、母公司A和南京公司G、深圳公司F、惠州公司H之间的问题；
母公司A公司实际从如下方面为深圳公司E、深圳公司F、南京公司G、惠州公司H提供服务：
(1) (1)行政管理服务，如为上述四个公司提供名片印刷、福利发放、旅游服务、信息化服务等
(2) (2)人力资源服务：如为上述四个公司提供人员招聘、社保缴纳、其他人力资源服务等；
(3) (3)专利管理服务：如为上述四个公司提供专利申请、跟踪登记等；
(4) (4)采购仓储制造服务：如为上述四个公司（主要是深圳公司E、）提供；
(5) (5)财务记账服务：如为上述四个公司提供
(6) (6)销售业务：主要是为深圳公司E提供内销服务；
(7) (7)资金往来业务：将资金从南京公司G调回母公司A公司，涉及两个独立法人企业之间的资金往来，在有关资金往来凭证的后面是否需要附加两个公司的借款协议呢？否则资金无缘无故的在两个独立法人企业的账户上往来，不符合独立原则；
3、员工派遣方面，员工张三和李四是和母公司签订的合同，但是被派往南京子公司工作，工资发放和社保缴纳都是母公司发放，但是季度末和年度末时候，将上述费用通过挂往来账的方式挂在子公司的费用上，这样是否合适和违反原则呢？如果想这样做的话吗，哪么做合规呢？ 另外王五和孙六两个员工是由母公司变更到南京子公司工作，合同是和南京签订的的，工资从南京发放，但是社保却在母公司发放，每月末根据母公司的社保缴费清单在子公司挂费用和往来，这样是否合适和违规呢？哪么做才合规呢？
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